Era un líder secular y ultra bengalí. Fue blanco de los extremistas islamistas de Bengala Oriental o Pakistán Oriental durante mucho tiempo. Cuando declaró su independencia de Pakistán y fundó Bangladesh, los extremistas se pusieron furiosos y lo persiguieron para asesinarlo.
Cuando hubo un gran descontento político después de la guerra, el jeque Mujib anunció la política de un partido y una nación para estabilizar el país. Fundó BAKSAL. Aunque intentó apaciguar a los musulmanes yendo a la cumbre de la OCI, realizando muchas actividades de bienestar musulmán / islámico, pero los pro paquistaníes y los islamistas no estaban contentos. Algunos militares de Bangladesh motivados por el ala de inteligencia de Pakistán y su ejército hicieron un plan para asesinarlo, ya que se dieron cuenta de que era casi imposible echarlo del poder debido a su popularidad como líder. Entonces, los hombres del ejército finalmente se adelantaron y lo mataron brutalmente y a casi todos los miembros, incluidos sus hijos, excepto a sus hijas Sheikh Hasina y Sheikh Rehana, que estaban en Alemania. Lo mataron de la manera más brutal.
Los asesinos fueron motivados por Pakistán y partidos islámicos, también por el grupo anti-India en Bangladesh.
El jeque Mujibur Rahman era un líder bengalí secular y probablemente también era irreligioso. Ser musulmán pero anti-Pakistán y pro-India fue ofensivo para algunos bangladesíes. Entonces los extremistas del ejército lo mataron, quien según ellos no era un “verdadero” musulmán. Fue asesinado 5 años después de la independencia y esto llevó a una gran inestabilidad política en Bangladesh.